A μεταμόσχευση μαλλιών αρχίζει αφού χορηγηθεί αναισθησία, με την προετοιμασία του ιστού δότη. Στη συνέχεια, οι θηλυκοί μονάδες εξάγονται από τον ιστό με τη χρήση στερεομικροσκοπίου. Όλα αυτά γίνονται από εξειδικευμένους τεχνικούς και νοσηλευτές. Η εισαγωγή των μαλλιών στις θέσεις υποδοχής έρχεται αργότερα.
Μόλις οι θηλυκοί μονάδες για τη μεταμόσχευση μαλλιών αφαιρεθούν από τον ιστό του δότη, οι τεχνικοί τις τοποθετούν σε διάλυμα αλατόνερου. Η θερμοκρασία πρέπει να είναι ιδανική, αλλιώς οι μικρές μοσχεύματα δεν θα επιβιώσουν στη διαδικασία. Αυτό γίνεται πολύ προσεκτικά για να εξασφαλιστεί ένα καλό αποτέλεσμα.
Ο χειρουργός θα κάνει μικρές τομές στο τριχωτό της κεφαλής όπου τα μοσχεύματα μεταμόσχευσης μαλλιών θα τοποθετηθούν. Αυτές είναι οι λεγόμενες θέσεις υποδοχής. Κάνουν με μια πολύ λεπτή χειρουργική βελόνα. Ο χειρουργός πρέπει να έχει μάτι για λεπτομέρεια για να τοποθετήσει σωστά τις θέσεις υποδοχής. Πρέπει επίσης να είναι πολύ καλλιτεχνικός για να επιτύχει φυσικό αποτέλεσμα, ειδικά στη γραμμή των μαλλιών.
Η κατεύθυνση που μεγαλώνουν τα μαλλιά, τόσο στην μπροστινή πλευρά του κεφαλιού όσο και στο στέμμα, είναι επίσης πολύ σημαντική. Ο γιατρός πρέπει να κάνει την κατάσταση των νεοτοποθετημένων μαλλιών να μοιάζει με τα φυσικά μαλλιά του ασθενούς. Η γωνία που τοποθετούνται τα μαλλιά καθορίζει πόσο θα στέκονται από το κεφάλι.
Μόλις ο χειρουργός κάνει όλες τις τομές για τη μεταμόσχευση μαλλιών που καθορίζουν το σχέδιο που έχει δημιουργήσει, η ειδικά εκπαιδευμένη χειρουργική ομάδα αναλαμβάνει. Χρησιμοποιούν το σχέδιό του για να επιτύχουν τους στόχους του, και με τη σειρά τους, τους στόχους του ασθενούς. Το έδαφος έχει προετοιμαστεί για αυτούς από τον χειρουργό όταν κάνει τις τομές.
Η χειρουργική ομάδα τοποθετεί προσεκτικά κάθε μόσχευμα μεταμόσχευσης μαλλιών στις θέσεις υποδοχής όπως έχουν καθοριστεί. Ωστόσο, δεν χάνουν χρόνο, γιατί τα μικρά μοσχεύματα είναι ευάλωτα όταν τα θυλάκια τους είναι έξω από το δέρμα. Ο στόχος είναι να τοποθετηθούν τα μοσχεύματα όσο πιο γρήγορα γίνεται, ενώ παραμένουν πιστά στο σχέδιο.
Στη συνέχεια, ο γιατρός εξετάζει τη μεταμόσχευση μαλλιών για έλεγχο ποιότητας. Μπορεί να χρειαστεί αρκετός χρόνος για να διορθώσει την τοποθέτηση των μοσχευμάτων πριν είναι ικανοποιημένος ότι είναι σωστά τοποθετημένα στις θέσεις υποδοχής με ευχάριστο τρόπο. Όταν δώσει το ΟΚ, οι χειρουργικοί τεχνικοί αναλαμβάνουν ξανά την φροντίδα του ασθενούς.
Τα μοσχεύματα θα τοποθετηθούν πιο μόνιμα στη θέση τους όταν οι τεχνικοί τα στεγνώσουν φυσώντας τα με ψυχρό πιστολάκι. Αυτό τα καθιστά να κολλήσουν στη θέση τους ώστε να μην χρειάζονται επιδέσμους. Ο ασθενής θα κληθεί να φέρει ή θα του δοθεί ένα καπέλο του μπέιζμπολ για το ταξίδι του από τη διαδικασία μεταμόσχευσης μαλλιών.
Ο γιατρός θα θέλει να δει πώς πάνε τα μοσχεύματα την επόμενη μέρα από τη μεταμόσχευση μαλλιών. Ο ασθενής θα πάει για έναν έλεγχο ώστε να διορθωθούν γρήγορα τυχόν προβλήματα. Αν αυτό δεν είναι δυνατό, τουλάχιστον θα γίνουν σχέδια για να διορθωθούν σε μελλοντικό χρόνο.
Ο γιατρός θα έχει κάνει τη δουλειά του με τη διαδικασία μεταμόσχευσης μαλλιών σε αυτό το σημείο. Το μόνο που απομένει είναι περιοδικοί έλεγχοι. Αν η απώλεια μαλλιών είναι εκτεταμένη, ενδέχεται να υπάρχουν περισσότερες διαδικασίες, αλλά όλες οι μεταμοσχεύσεις μαλλιών θα γίνουν με την ίδια προσοχή.